Учреждение вправе подать еще одну жалобу по указанным в вопросе основаниям. Однако если не будет восстановлен срок на подачу жалобы, она может быть оставлена вышестоящим налоговым органом без рассмотрения.
В соответствии с налоговым законодательством камеральная налоговая проверка проводится уполномоченными должностными лицами налогового органа в течение трех месяцев со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации (расчета) (п. 2 ст. 88 НК РФ, подп. 2.2 п. 2 письма ФНС России от 16.07.2013 № АС-4-2/12705@). Если до окончания камеральной налоговой проверки налогоплательщиком представлена уточненная налоговая декларация (расчет) в порядке, предусмотренном ст. 81 НК РФ, камеральная налоговая проверка ранее поданной декларации (расчета) прекращается и начинается новая камеральная налоговая проверка на основе уточненной налоговой декларации (расчета) (п. 9.1 ст. 88 НК РФ). В данном случае из представленных в вопросе сведений следует, что камеральная проверка проводилась налоговым органом в течение почти шести месяцев, то есть сроки ее проведения были существенно нарушены.
На основании ст. 137 НК РФ каждое лицо имеет право обжаловать акты налоговых органов ненормативного характера, действия или бездействие их должностных лиц, если, по мнению этого лица, такие акты, действия или бездействие нарушают его права.
Согласно п. 1 ст. 139 НК РФ жалоба подается в вышестоящий налоговый орган через налоговый орган, акты ненормативного характера, действия или бездействие должностных лиц которого обжалуются. На основании п. 2 ст. 139 НК РФ жалоба может быть подана в течение одного года со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своих прав (либо со дня вынесения решения о привлечении к налоговой ответственности). В случае пропуска по уважительной причине срока подачи жалобы этот срок по ходатайству лица, подающего жалобу, может быть восстановлен вышестоящим налоговым органом. Препятствий для подачи второй жалобы (даже по отличным от первой основаниям) налоговое законодательство не содержит, поэтому учреждение вправе такую жалобу подать.
В то же время отметим, что пунктом 1 ст. 139.3 НК РФ предусмотрен перечень оснований, при наличии которых вышестоящий налоговый орган оставляет без рассмотрения жалобу полностью или в части. В вашем случае основания для оставления жалобы без рассмотрения по подп. 4 п. 1 ст. 139.3 НК РФ отсутствуют. В то же время одним из указанных оснований является подача жалобы после истечения срока подачи жалобы, установленного НК РФ, если она не содержит ходатайства о его восстановлении или в восстановлении пропущенного срока отказано (подп. 2 п. 1 ст. 139.3 НК РФ). Таким образом, рассмотрение жалобы вышестоящим налоговым органом связано с фактом восстановления налогоплательщику пропущенного срока на подачу жалобы. В данном случае основания для отказа в его восстановлении, на наш взгляд, присутствуют (постановления Пятого арбитражного апелляционного суда от 05.05.2014 № 05АП-5318/14, Первого арбитражного апелляционного суда от 28.04.2014 № 01АП-1448/14).