У организации – арендатора земельных участков в данном случае отсутствует обязанность по уплате в бюджет НДС в качестве налогового агента.
Пунктом 3 ст. 161 НК РФ обязанности налоговых агентов по определению налоговой базы по НДС, исчислению, удержанию и уплате в бюджет сумм данного налога возложены на арендаторов федерального имущества, имущества субъектов РФ и муниципального имущества, предоставленного в аренду на территории РФ соответственно органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления.
Возникновение указанных обязанностей изначально зависит от необходимости обложения соответствующих операций НДС.
Согласно подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ, а также по передаче имущественных прав.
Реализацией товаров, работ или услуг организацией или индивидуальным предпринимателем для целей исчисления НДС признается передача (в том числе обмен товарами, работами или услугами) права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, оказание услуг одним лицом другому лицу как на возмездной, так и на безвозмездной основе (п. 1 ст. 39, абз. 2 подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).
Согласно п. 5 ст. 38 НК РФ услугой для целей налогообложения признается деятельность, результаты которой не имеют материального выражения, реализуются и потребляются в процессе осуществления этой деятельности.
В п. 9 постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 № 33 разъяснено, что при применении подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ, определяющего в качестве объектов налогообложения НДС, в том числе операции по реализации на территории РФ услуг, надлежит учитывать определение понятия «услуги», данное в п. 5 ст. 38 НК РФ, если иное содержание этого понятия не предусмотрено положениями главы 21 НК РФ. Также разъяснено, что в целях исчисления НДС понятие услуг включает в себя и аренду.
С учетом изложенного в рассматриваемой ситуации Комитет, предоставляя коммерческой организации земельные участки в аренду, реализует на территории РФ услуги (подп. 1 п. 1 ст. 148 НК РФ), т.е. осуществляет операции, являющиеся объектами налогообложения НДС в понимании подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ.
При этом п. 2 ст. 146 НК РФ установлен перечень операций, не признаваемых объектом налогообложения НДС, в подп. 4.1 которого поименованы, в частности, операции по оказанию услуг казенными учреждениями.
Из решения Казанской городской думы от 29.12.2010 № 20-3 следует, что Комитет является муниципальным казенным учреждением, поэтому оказываемые им услуги по аренде земельных участков на основании подп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ не признаются объектом налогообложения НДС, обязанность по уплате НДС при оказании данных услуг изначально отсутствует (п. 1 ст. 38 НК РФ).
Таким образом, считаем, что у организации – арендатора земельных участков в данном случае отсутствует обязанность по уплате в бюджет НДС в качестве налогового агента. Подтверждают данный вывод многочисленные разъяснения специалистов финансового ведомства (см., например, письма Минфина России от 26.01.2016 № 03-07-11/2939, от 10.04.2015 № 03-07-15/20611, от 17.12.2014 № 03-07-14/65191).