В соответствии с п. 1 ст. 1005 ГК РФ по агентскому договору одна сторона (агент) обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала. По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от своего имени и за счет принципала, приобретает права и становится обязанным агент, хотя бы принципал и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки. По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от имени и за счет принципала, права и обязанности возникают непосредственно у принципала.
Таким образом, в рассматриваемой ситуации платежный агрегатор выступает в качестве агента, осуществляющего прием безналичных платежей в пользу продавца и действующего от имени и за счет принципала.
Как указано в ответе с официального сайта ФНС России (раздел «Часто задаваемые вопросы», февраль 2020 г.), в случае действия агента от имени и за счет принципала агент применяет ККТ, зарегистрированную на принципала. Но агент также вправе применять ККТ, зарегистрированную на себя (агента), при условии указания в кассовом чеке реквизитов «признак агента», «данные поставщика», «ИНН поставщика» (письмо Минфина России от 30.03.2020 № 03-01-15/24985).
Таким образом, в рассматриваемой ситуации платежный агрегатор вправе применять ККТ, зарегистрированную им на себя, при условии соблюдения вышеназванных требований.