Работодатель вправе самостоятельно выбрать одно из двух возможных оснований прекращения трудового договора с руководителем. В случае расторжения трудового договора по п. 1 ч. 1 ст. 81 ТК РФ в связи с ликвидацией организации руководителю не полагается компенсация, предусмотренная ст. 279 ТК РФ.
Принятие уполномоченным органом юридического лица решения о прекращении трудового договора с руководителем организации в соответствии с п. 2 ст. 278 ТК РФ является самостоятельным основанием прекращения трудового договора, существующим помимо общих оснований, предусмотренных ТК РФ и иными федеральными законами. Увольнение по этому основанию является случаем расторжения трудового договора по инициативе работодателя (п. 50 постановления Пленума Верховного Суда РФ от 17.03.2004 № 2 «О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации», письмо Роструда от 05.09.2006 № 1333-6). Закон не называет каких-либо обстоятельств, способных ограничить уполномоченный орган в принятии решения о прекращении трудового договора с руководителем или, наоборот, заставить принять такое решение. Поэтому увольнение генерального директора по п. 2 ст. 278 ТК РФ является не обязательным, а лишь возможным. Принятие такого решения относится к исключительной компетенции работодателя (уполномоченного органа юридического лица).
Статьей 279 ТК РФ предусмотрено, что компенсация в размере, определяемом трудовым договором, но не ниже трехкратного среднего месячного заработка, выплачивается руководителю организации в случае прекращения с ним трудового договора в соответствии с п. 2 ст. 278 ТК РФ. Иными словами, такая компенсация положена руководителю в силу закона не при любом досрочном прекращении с ним трудовых отношений, а только при увольнении по конкретному основанию, а именно по п. 2 ст. 278 ТК РФ. Если для увольнения выбрано другое основание, например ликвидация организации, компенсация, предусмотренная ст. 279 ТК РФ, не выплачивается.
Принятие уполномоченным органом решения о ликвидации организации согласно п. 1 ч. 1 ст. 81 ТК РФ также является самостоятельным основанием расторжения трудового договора по инициативе работодателя. Это основание увольнения применимо ко всем работникам, в том числе и к руководителю. При увольнении в связи с ликвидацией организации предусмотрены свои компенсационные выплаты. Согласно ст. 178 ТК РФ это выходное пособие в размере среднего месячного заработка, а также средний месячный заработок на период трудоустройства (не свыше двух, в исключительных случаях трех, месяцев со дня увольнения, причем с зачетом выходного пособия).