Реализация недвижимости в данном случае должна осуществляться без НДС.
Организации, в том числе получившие статус участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом от 28.09.2010 № 244-ФЗ «Об инновационном центре “Сколково”» (далее – участники проекта и Закон № 244-ФЗ), в силу положений ст. 143 НК РФ признаются налогоплательщиками НДС.
При продаже налогоплательщиком принадлежащих ему нежилых помещений, находящихся на территории РФ, у него возникает объект налогообложения НДС (п. 3 ст. 38, п. 1, 2 ст. 39, подп. 1 п. 1 ст. 146, п. 1 ст. 147 НК РФ). Поскольку данные операции не подпадают по действие п. 2 ст. 146, п. 1–3 ст. 149 НК РФ, при их осуществлении налогоплательщик должен исчислять и предъявлять покупателям НДС по установленным главой 21 НК РФ правилам.
При этом необходимо учитывать, что на основании п. 1 ст. 145.1 НК РФ организация, получившая статус участника проекта, имеет право на освобождение от обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС (далее – Освобождение), в течение десяти лет со дня получения ею указанного статуса в установленном законом порядке. Право на Освобождение может быть использовано участником проекта с 1-го числа месяца, следующего за месяцем получения данного статуса (п. 3 ст. 145.1 НК РФ), что, как мы поняли, и сделано организацией в данном случае.
Абзацем 2 п. 1 ст. 145.1 НК РФ предусмотрено, что Освобождение не применяется лишь в отношении обязанностей, возникающих в связи с ввозом на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, товаров, подлежащих налогообложению в соответствии с подп. 4 п. 1 ст. 146 НК РФ. Иных положений, ограничивающих сферу действия Освобождения, главой 21 НК РФ не установлено, в связи с чем, на наш взгляд, для применения Освобождения не имеет значения, в частности, что реализуемые объекты недвижимости приобретены налогоплательщиком до получения статуса участника проекта, а также то, что они не использовались налогоплательщиком для целей осуществления исследовательской деятельности в соответствии с Законом № 244-ФЗ.
В письме Минфина России от 15.02.2013 № 03-07-07/4072 разъясняется, что после применения Освобождения организация не должна реализовывать товары (работы, услуги) с учетом НДС. Соответственно, не должна она и предъявлять НДС покупателям (письма Минфина России от 24.05.2013 № 03-07-09/18686, от 12.09.2012 № 03-07-09/129, см. также письмо Минфина России от 16.01.2012 № 03-07-14/03).
Таким образом, по нашему мнению, организация в рассматриваемой ситуации не должна начислять НДС при продаже нежилых помещений и предъявлять его покупателям. Иными словами, реализация недвижимости в данном случае должна осуществляться без НДС (дополнительно см. письмо Минфина России от 15.05.2012 № 03-07-15/45, ФНС России от 15.12.2011 № ЕД-21-3/375).
Наряду с этим отметим, что норм, освобождающих участников проекта, применяющих Освобождение, от предусмотренной п. 3 ст. 169 НК РФ обязанности по составлению счетов-фактур, НК РФ не предусматривает. Такие организации, составляя счета-фактуры, должны осуществлять в графе 7 «Налоговая ставка» и в графе 8 «Сумма налога, предъявляемая покупателю» запись «без НДС» (письма Минфина России от 24.05.2013 № 03-07-09/18686, от 12.09.2012 № 03-07-09/129).