Действительно, законодательство предусматривает определенные льготы и специальные правила для субъектов малого предпринимательства. Одно из таких специальных правил предусмотрено Федеральным законом от 26.12.2008 № 294-ФЗ «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля» (далее – Закон № 294-ФЗ). Согласно ч. 2 ст. 13 Закона № 294-ФЗ общий срок проведения плановых выездных проверок, проводимых в отношении одного субъекта малого предпринимательства, ограничен пятьюдесятью часами в год для малого предприятия и пятнадцатью часами в год для микропредприятия.
В исключительных случаях допускается продление срока проведения выездной плановой проверки в отношении указанных субъектов, но не более чем на пятнадцать часов (ч. 3 той же статьи).
Однако положения Закона № 294-ФЗ не применяются, в частности, при осуществлении налогового контроля (ч. 3.1 ст. 1, см. также постановление Президиума ВАС РФ от 22.06.2010 № 1130/10).
Порядок осуществления налогового контроля (в том числе и налоговых проверок) регулируется исключительно Налоговым кодексом РФ (п. 1 ст. 82 НК РФ). Этот порядок в полной мере распространяется и на субъектов малого предпринимательства. Специальных положений, каким-либо образом ограничивающих возможность проведения мероприятий налогового контроля в отношении таких субъектов, налоговое законодательство не содержит.
Ограничения, связанные с проведением выездной налоговой проверки, предусмотрены ст. 89 НК РФ. В частности, согласно п. 5 этой статьи налоговые органы не вправе проводить две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период. Кроме того, налоговые органы не вправе проводить в отношении одного налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года, за исключением определенных случаев.
Таким образом, при соблюдении условий, предусмотренных ст. 89 НК РФ, налоговый орган вправе провести выездную налоговую проверку в отношении индивидуального предпринимателя. Наличие у ИП статуса субъекта малого предпринимательства при этом не имеет значения.