После перехода на общую систему налогообложения при составлении документов, подтверждающих оказание услуг (выполнение работ), организации необходимо выделять НДС в первичных документах. В течение пяти дней со дня оказания услуг (выполнения работ) необходимо выставить соответствующие счета-фактуры.
Согласно п. 1 ст. 424 ГК РФ исполнение договора оплачивается по цене, установленной соглашением сторон. Изменение цены после заключения договора допускается в случаях и на условиях, предусмотренных договором, законом либо в установленном законом порядке (п. 2 ст. 424 ГК РФ).
Как следует из вопроса, цена услуг в договоре первоначально была установлена без НДС.
В соответствии с п. 2 ст. 346.11 НК РФ организации, применяющие УСН, не признаются плательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате в соответствии с НК РФ при ввозе товаров на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, а также НДС, уплачиваемого в соответствии со ст. 174.1 НК РФ.
Следовательно, предоплата, поступившая организации в периоде применения ею УСН, правомерно не включает в себя сумму НДС.
Однако с начала периода, в котором действие УСН прекращено, организация становится плательщиком налогов, от которых она была освобождена при применении УСН, в частности, НДС.
Таким образом, на основании п. 1 ст. 168 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав налогоплательщик дополнительно к цене реализуемых товаров (работ, услуг), передаваемых имущественных прав обязан предъявлять к оплате соответствующую сумму НДС.
При этом не позднее пяти календарных дней считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг) выставляются соответствующие счета-фактуры (п. 3 ст. 168 НК РФ).
Следовательно, если организация получила предоплату в период применения УСН, а отгрузила товары (выполнила работы, оказала услуги) в счет сделанной предоплаты после перехода на ОСНО, такая реализация является объектом обложения НДС (письмо УФНС России по Владимирской области от 02.03.2011 № 06-08-01/2124 со ссылкой на письмо Минфина России от 30.07.2008 № 03-11-04/2/116).
Учитывая, что НДС предъявляется покупателю дополнительно к стоимости товара (работ, услуг), стороны могут подписать дополнительное соглашение к договору, в котором можно указать, что в связи с переходом на общий режим налогообложения стоимость товара увеличивается на сумму НДС. Причем покупатель в таком случае должен доплатить разницу в ценах.
При этом в соответствии с п. 4 ст. 709 ГК РФ цена работы считается твердой при отсутствии в договоре подряда других указаний. Следовательно, если покупатель не согласен вносить изменения в договор, начислять НДС к уплате в бюджет продавцу придется за счет собственных средств.
Обращаем внимание, что если аванс получен организацией в период применения УСН, то организация должна была включить его в состав налогооблагаемых доходов (смотрите, например, письма Минфина России от 18.12.2008 № 03-11-04/2/197, от 21.07.2008 № 03-11-04/2/108).
Следовательно, после перехода на общий режим налогообложения при отгрузке товаров (выполнении работ, оказании услуг) в счет этого аванса выручка от реализации при расчете налога на прибыль не учитывается (письма Минфина России от 28.01.2009 № 03-11-06/2/8, от 30.07.2008 № 03-11-04/2/116, УФНС России по г. Москве от 29.06.2010 № 16-15/067774@).
Таким образом, при расчете налога на прибыль выручка от реализации таких товаров (работ, услуг) в состав доходов организации не включается, при этом в бухгалтерском учете указанная выручка учитывается в составе доходов.
В общем случае информация о таких разницах подлежит раскрытию в бухгалтерском учете в соответствии с ПБУ 18/02 «Учет расчетов по налогу на прибыль организаций» (далее – ПБУ 18/02) (п. 1 ПБУ 18/02).
Отметим, что ПБУ 18/02 может не применяться субъектами малого предпринимательства (п. 1 ПБУ 18/02).
Если организация все-таки применяет ПБУ 18/02, то доходы, формирующие бухгалтерскую прибыль отчетного периода, но не учитываемые при определении налоговой базы по налогу на прибыль как отчетного, так и последующих отчетных периодов, образуют постоянную разницу (п. 4 ПБУ 18/02).
При этом в бухгалтерском учете отражается постоянный налоговый актив, равный величине, определяемой как произведение указанной постоянной разницы, на ставку налога на прибыль, установленную законодательством РФ о налогах и сборах и действующую на отчетную дату (п. 7 ПБУ 18/02).
Для этого в бухгалтерском учете необходимо сформировать следующую проводку: Дебет 68, субсчет «Расчеты по налогу на прибыль» Кредит 99, субсчет «Постоянные налоговые активы и обязательства» – отражен постоянный налоговый актив.