В каком регламентирующем документе организации прописывать особенности составления номенклатуры дел?

Состав документов оставьте «как раньше», просто актуализируйте их содержание.

Номенклатура дел – многофункциональный документ. Положения, регламенты, инструкции разрабатываются о процессах и процедурах, а не о документах.

Изменения в свою конкретную Инструкцию по делопроизводству сейчас можно вносить на основе новой Примерной инструкции по делопроизводству в государственных организациях (утв. приказом Росархива от 11.04.2018 № 44). Именно там специально выделен раздел VIII «Формирование документального фонда организации», посвященный разработке номенклатуры дел. Можно руководствоваться этим примером.

В Инструкции по делопроизводству организации совершенно необходим раздел о разработке номенклатуры. Если новый сотрудник желает показать свой профессионализм, то советуем ему подумать о Регламенте (или Методике) разработки номенклатуры дел, чтобы объяснить правила разработки этого сложного документа и научить всех ответственных за делопроизводство в структурных подразделениях с учетом особенностей организации.

А изменения в Положение об экспертной комиссии организации сейчас необходимо внести на основе нового Примерного положения об экспертной комиссии организации (утв. приказом Росархива от 11.04.2018 № 43). В Положении необходимо отразить конкретные условия и особенности проведения экспертизы ценности документов в вашей организации, например обязательность включения в ее состав самых опытных и квалифицированных работников, в т.ч. специалистов ИТ-подразделений, обязательность плана или графика заседаний, ответственность за ведение протоколов заседания, обязательность утверждения протоколов только первым руководителем и т.п.