Если часть обсуждения не включить в протокол

Да, такие случаи бывают, и какие-то решения представителей сторон остаются устными договоренностями, на которые можно будет также устно ссылаться. Но вот доказательства обсуждения какого-то вопроса и принятого по нему решения не будет, т.к. функцию доказательства выполняет только документ.

В деловом обороте «честное купеческое» или «честное предпринимательское» слова необходимо подстраховывать, например, звукозаписью, с ведением которой должны согласиться все участники до начала встречи или совещания.

А в аспекте оформления протокола отметим, что в данной ситуации он будет корректным документом, если будет содержать:

• необходимые для протокола реквизиты
• и в особенности подписи:
• на протоколе оперативного совещания у руководителя нужна его подпись и секретаря, оформившего протокол;
• на протоколе совещания / заседания коллегиального органа – подписи его председателя и секретаря (обычно достаточно их, т.е. обходятся без подписей всех членов коллегиального органа);
• а на протоколе деловой встречи – подписи сторон.

Здесь необходимо учитывать еще один аспект. Если есть возражения со стороны участников, то они могут в этом случае либо подписать протокол с возражениями, либо отказаться подписывать его совсем. Если это сотрудник организации и он находится в прямом подчинении руководителя, который принял решение не отражать в протоколе какой-то момент, то он может повлиять на несогласного (и тот подпишет протокол без возражений). Но если противник изменений не находится в подчинении такого руководителя, то повлиять на него будет сложнее.