Если первичные учетные документы сканируются

Вы ответили главному бухгалтеру совершенно правильно. Судя по описанию, в Вашем электронном архиве формируется и хранится фонд пользования, сформированный из электронных копий первичных учетных документов.

Скорее всего, «электронным архивом» Вы называете информационную систему, в которой размещаются по определенной схеме систематизации электронные скан-копии, т.е. о работе с электронными оригиналами документов речь не идет. И скорее всего, нет регламентирующих документов, которые придали бы этому «электронному архиву» статус официального. Получается, что официальным данный электронный архив считается только в Вашей организации. Но контролеры, регуляторы и контрагенты совершенно не обязаны по умолчанию принимать в статусе юридически значимых ваши скан-копии. Обмен электронными документами или (редко) их заверенными копиями обычно устанавливается сторонами договоров или системным регулятором (налоговой службой, ПФР, ФСС и т.п.), который является оператором той или иной информационной системы (государственного информационного ресурса).

В настоящее время практическая польза от...